Modele de moccasin

Comme nous près de la libération de la peur de Dieu x Nike Air Skylon II, nous apprenons maintenant d`un autre modèle de chaussure collaborative baisse l`année prochaine. Selon les initiés de Sneaker @py_rates, Nike et Jerry Lorenzo poursuivront leur relation en 2019 avec la Nike Air Fear de God Moccasin. MOCCASIN signifie «convertisseur ODE de modèle pour créer l`interopérabilité automatisée de SBML». MOCCASIN est conçu pour convertir certaines formes de base des modèles de simulation ODE écrits en MATLAB ou octave et les traduire au format SBML. Il permet ainsi aux chercheurs de convertir des modèles MATLAB en un format ouvert et largement utilisé dans la biologie des systèmes. Le but de ce projet est de développer un logiciel qui utilise une combinaison d`heuristiques et d`assistance utilisateur pour aider les chercheurs à exporter des modèles écrits en tant que scripts MATLAB et Octave ordinaires. MOCCASIN (“Model ODE Converter for Creation Automated SBML interopérabilité”) aide les chercheurs à prendre des modèles ODE (équation différentielle ordinaire) écrits en MATLAB et octave et à les exporter sous forme de fichiers SBML. Bien que son champ d`application soit limité à MATLAB écrit avec certaines hypothèses, et la conversion générale des modèles MATLAB est impossible, MOCCASIN peut néanmoins traduire certaines formes courantes de modèles en SBML. Ce travail est rendu possible grâce en partie au financement de l`école de médecine Icahn du Mont Sinaï, fourni dans le cadre du projet de modélisation de l`immunité pour la biodéfense (numéro de contrat HHSN266200500021C, chercheur principal: Stuart Sealfon), et dans partie au financement de l`école de médecine de l`Université de Boston, fourni dans le cadre du projet financé par la NIH l`immunité de modélisation pour la biodéfense (numéro de contrat HHSN272201000053C, chercheurs principaux: Thomas B. Kepler et Garnett H. Kelsoe).

Au prix de $170 USD, le Nike Air Fear de God Moccasin “particule beige” est mis à la sortie sur nike.com et à certains détaillants au cours de janvier 2019. Modélisation de l`immunité pour les contrats de biodéfense HHSN266200500021C; (G.N., S.C.S.), U19AI117873; (G.N., S.C.S.) et HHSN272201000053C (H.F.G., Thomas B. Kepler), et par l`Institut suisse de bioinformatique. Ces questions nous ont amenés à développer Model ODE Converter for Creation Automated SBML interopérabilité (MOCCASIN), un outil autonome qui peut prendre des modèles ODE écrits en MATLAB et les exporter sous forme de fichiers SBML. MOCCASIN est écrit en Python et ne nécessite pas d`accès à MATLAB. Pour le développer, nous avons tiré des progrès récents dans l`inférence des réseaux de réaction biochimiques (Fages et al., 2015). Le résultat permet un SBML plus riche qui peut également être utilisé pour des analyses qualitatives où la connaissance du réseau de réaction derrière un système d`ODEs est exigée. Résumé: MATLAB est populaire dans la recherche biologique pour la création et la simulation de modèles qui utilisent des équations différentielles ordinaires (ODEs). Cependant, le partage ou l`utilisation de ces modèles en dehors de MATLAB est souvent problématique. Une norme communautaire telle que le langage SBML (Systems Biology Markup Language) peut servir de format d`échange neutre, mais traduire des modèles de MATLAB en SBML peut être difficile, en particulier pour les modèles hérités qui ne sont pas écrits avec la traduction à l`esprit.


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